基地围绕国家战略植物资源储备与产业安全，以及围绕喀斯特区域生态环境保护与区域经济发展方式转变的战略目标，建设中国—东盟植物资源与生态环境研究、战略植物资源储备、研究开发和人才培养的国际科技合作基地。基地将重点合作承担喀斯特地区植物资源保育、喀斯特地区生物多样性与生态系统功能、生态系统恢复关键技术集成与应用等方向的科学研究。